Mănăstirea Sfînta Treime a fost întemeiată în anul 1776 de către călugărul Vartolomeu Ciungu, cu permisiunea proprietarului Enache Hrisoverghi, care îi dărui şi 120 desetine de pămînt. Conform tradiţiei, înainte de începerea lucrărilor, Vartolomeu petrece 40 de zile în post şi rugăciune, pentru a milostivi pe Dumnezeu, ca să fie ajutat în alegerea cît mai reuşită a unui loc pentru construcţia mănăstirii.

În anul 1900 locuitorii Saharnei Ipolit Terleţki şi Vasile Corneanu au renovat mănăstirea rupestră, afectînd aspectul interior şi cel exterior al mănăstirii. Atunci a fost demolat peretele natural dintre biserică şi chiliile ce îi erau alăturate, ridicîndu-se pereţi noi din blocuri de piatră calcaroasă.

La începutul secolului XX mănăstirea Saharna avea 20 de călugări, toţi moldoveni, stăpînea 420 desetine de pămînt. După anul 1918 mănăstirea şi-a schimbat statutul, devenind „de maici". Către mijlocul secolului XX mănăstirea ajunsese un loc înfloritor, fiind una din cele mai bine amenajate lăcaşuri de cult monahale din Moldova, însă în 1964 mănăstirea este închisă şi transformată în spital de psihiatrie. Chiliile au fost transformate în saloane de spital, biserica de vară – în depozit, iar cea de iarnă – în casă de cultură. Mănăstirea a fost redeschisă la 19 aprilie 1991. În 1992 au fost reparate chiliile, trapeza, bucătăria, și stareția.