Prima atestare documentară a mănăstirii datează din 10 iunie 1807, cînd Efrem Iurcu împreună cu frații Gheorghe și Antonie Săpoteanu şi cu Iordache Iurcu au donat mănăstirii pamînt, aşa încît teritoriul mănăstirii se extindea, spre răsărit pînă la pîrăul Biceag, spre asfințit pînă la pîrăul Ichel, la miază-zi pînă la pădurea Rădiu. 

Pe la mijlocul secolului  XIX, Biserica Rusă a închinat mănăstirea Frumoasa Sfîntului Mormînt din Ierusalim. Timp de aproape trei decenii, calugării mergeau în fiecare an la Ierusalim să ducă contribuţia cuvenită. 
În anul 1898 la Frumoasa se aflau 89 de călugari și fraţi. Mănăstirea avea în proprietate 157 ha pămînt arabil, 25 ha de vie, 25 ha de livadă, 8 iazuri, 4 mori, o casa şi o gheretă în piaţa veche din Chișinău, o casă în Telenești, o vinărie în Leuşeni, 2 prăvălii în sat, 96 stupi de albine, 104 vite, 25 de cai, 72 de porci,766 oi,1000 de păsări. 

În perioada sovietică în incinta mănăstirii şi-au avut sediul mai multe institutii: Școala-Internat pentru copiii surdo-muți (1965-1973), colonie pentru fete (1973-1986) și Școala–Internat pentru copii demenți (1986-1994). În 1954 sînt demolate clopotnița şi cupola bisericii mari. În cei 200 de ani de existență (1804-2004), Mănăstirea Frumoasa a fost condusă de 25 stareţi și 4 stareţe şi a suferit 48 de ani de pustiire. La 20 septembrie 1994 Mănăstirea Frumoasa a fost redeschisă. Biserica Sfînta Treime este renovată în anul 1996. Astăzi mănăstirea este în reconstrucție.