S-au păstrat mai multe legende privind întemeietorii mănăstirii: călugării Teodosie, Inochentie Sava sau Hîrju. Cert este că pe timpul egumenului Spiridon Filipovici (anii 1818-1846), originar din Muntenegru, mănăstirea cunoaşte o periodă de înflorire. Anume în această periodă se construieşte biserica de vară „Înalţarea Domnului”, (asemănătoare cu Catedrala din Chișinău, arhitectură clasicistă, cupolă rotundă situată deasupra naosului cruciform, turn cu sageată deasupra clopotniţei, interiorul a fost pictat în ulei), biserica de iarnă „Sf. Spiridon” (zidită în piatră între 1869-1872 în locul celei de lemn, exemplu de încadrare în arhitectura tradiţională moldovenească a elementelor clasicismului rus tardiv, este fondat frumosul parc si lacurile din jur. Spiridon Filipovici a fost înmormîntat în biserica „Înălțarea Domnului”.

Între anii 1953-1993 mănăstirea de la Hîrjauca a fost închisă de autorităţile sovietce, din 1954 fiind transformată în casă de odihnă, iar din 1958 - în sanatoriu. Biserica mare, cu hramul „Înălțarea Domnului” ajunge sală de sport.Mănăstirea a fost redeschisă abia în 1993, începînd şi lucrările de restaurare. Mănăstirea din Hîrjauca, atrage numeroşi vizitatori făcînd parte din salba de mănăstiri din zona de codru a Moldovei.