Potrivit vechilor cronici moldovenești, zidirea mănăstirii, ctitorie a lui Ștefan cel Mare (al cărui mormânt se află aici), a început în anul 1466 și s-a terminat în 1469. Sfințirea sa a avut loc la 3 septembrie 1469, „fiind de față întreg clerul moldovenesc”. Incinta, turnul de la intrare și fortificațiile au fost terminate în 1481. Biserica mănăstirii fiind devastată de oștile lui Timuș Hmelnițki, lucrările de reconstruire au fost începute de voievodul Gheorghe Ștefan (1653-1658) în 1654 și terminate, sub domnia lui Eustatie Dabija (1661-1665), în 1662. Mănăstirea a fost restaurată între anii 1756-1760 prin grija mitropolitului Iacob Putneanul, apoi în 1902, când s-a refăcut acoperișul după planurile arhitectului Karl Romstorfer, și, mai recent, în perioada 1961-1975.