Există ipoteza că numele oraşului este derivat din cuvântul tătăresc Tembosary însemnând "dealuri galbene". O altă etimologie este cea de la vechiul cuvânt dubăsar ("luntraş"). Cuvîntul este de origine slavă, avînd la bază cuvîntul dub „stejar”, care în limba noastră a dat naştere formelor dub, duboaie şi dubas, acestea din urmă avînd semnificaţia „luntre mare”.

Lucru firesc, deoarece pe vremuri luntrile se construiau şi prin scobirea trunchiurilor de copaci cu lemnul tare (stejar, frasin ş.a.). Tradiţiile locale susţin că aşezarea a apărut pe locul unde rîul Nistru se trecea pe un pod construit din astfel de luntre.

În apropiere de Dubăsari s-au descoperit artefacte din epoca de piatră.În documentele sec. al XIX-lea localitatea figurează cu numele Dubăsarii Noi. Documentele atestă satul începînd cu anul 1523. În 1780 a fost clădită biserica-catedrală Adormirea Maicii Domnului cu binecuvîntarea mitropolitului Daniil.