Считается, что название города происходит от наименования птицы дрофа (dropie), которая прежде была распространена в этом регионе.

История Дрокии началась одновременно со строительством железной дороги Бэлць — Окница. На этом участке появились станция и вокзал, близ которых в 1895 году были построены первые дома. Такое расположение Дрокии обусловило активное промышленное развитие населенного пункта и установление тесных контактов с другими селами и городами.

В первой половине XX века Дрокия прошла через этап интенсивного роста. В 1940 году она стала районным центром. В 1953 году станция Дрокия слилась с одноименной деревней, находившейся на расстоянии 1,5 км. В итоге был образован поселок городского типа Дрокия.