Район образован 10 ноября 1980 года, центр — село Шолданешты. В состав района вошло около 60 % территории бывшего Котюжанского района, а также около половины территории Резинского района

5 мая 1985 года вслед за переименованием районного центра, район переименовывается в Черненковский район. В 1988 году району возвращают изначальное название.

С 1999 года по 2002 год, в рамках проводимой административной реформы, район являлся частью Оргеевского уезда. После упразднения уездного деления, район вновь стал самостоятельной административной единицей.