Крепость стала частью оборонительной системы Молдовы. В период 1543—1546 гг., во время правления господаря Петра Рареша, крепость была полностью перестроена. Вместо деревянной, была воздвигнута каменная крепость. 

В 1711 году, во время Прутского похода Петра I Сорокская крепость защищала горожан и гарнизон крепости от турок, до прибытия русских войск.