Считается, что монах из монастыря Делень (с правобережья Прута) пришел сюда в конце XVII века и вырыл в скалах на берегу Днестра церковь Воздвижения Святого Креста, основав пещерный скит, в котором он жил вместе с несколькими братьями.

 В 1770 году иеромонах Теодосий восстанавливает скит, который был разрушен в результате землетрясения и опустошен татарскими ордами. В 1825 году на средства помещика Константина Стати был возведен каменный храм в честь Вознесения Господня. Началось строительство каменных келий, завершенное во время архимандрита Онисифора. Тогда же началось возведение хозяйственных пристроек и обустройство святого храма, была основана библиотека. В 1849 году Михаил Лобов, крупный чиновник из Кишинева, построил зимний храм в честь Святого архангела Михаила.

Монастырь Жапка - единственный в Молдове, который оставался открытым в течение советского периода. Обитель была опустошена, и ее хотели закрыть в 1959 и 1964, но она избежала этой участи. Однако монахини были вынуждены работать в колхозе.