În cronicile istorice, localitatea „Vadu-lui-Vodă” este pomenită pentru prima dată în 1432. În cronici, localitatea revine tocmai peste trei secole, fiind menționată ca fiind stăpânită de Nicolae, feciorul boierului Iaroșevici. În 1805, în Vadul-lui-Vodă se construiește prima biserică din piatra.

În 1812 împreună cu toată Basarabia, trece de la Principatul Moldovei în stăpânirea rusească. În 1855 localitatea se face cunoscută printr-o instituție cu totul deosebită pentru acele timpuri - un muzeu arheologic și paleontologic

A fost întemeiat de arheologul Ion C. Suruceanu și de soția sa Nathalie Sicard, fiica viticultorului francez Christophe-Charles Sicard, arheolog amator stabilit în localitate, care au adunat exponate paleontologice cretacee din valea Nistrului dar și lespezi cu inscripții, vase antice grecești și romane. Mai târziu, au transferat exponatele la Chișinău, în „Muzeul antichităților din Pontul scitic”, din nefericire distrus în 1917 de trupele debandate în momentul Revoluției.