La fel ca toți marii sultani , Selim al II-lea a decis să construiască propria lui moschee . Deși finalizată în șase ani, alți opt ani au fost dedicați realizării unei fundații solide. Moscheea a fost inaugurată la 14 noiembrie 1575, trei luni după moartea lui Selim al II-lea. În anul 1584 unul dintre minarete a fost lovit de fulger, lucrările de consolidare fiind finalizate abia în anul 1614. În 1913, în timpul Primului Război Balcanic, artileria bulgară a provocat daune minore construcției. În perioada 1982-1995, moscheea Selimiye a fost reprezentată grafic pe reversul cupiurii de 10.000 lire turcești. În anul 2011, moscheea și anexele sale au fost adăguate pe lista patrimoniului UNESCO
